• Đây là giải đầu tiên từ trước đến nay có ban tổ chức giải không do Liên đoàn bóng đá Việt Nam thành lập mà do Đại hội các câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp bầu chọn. Và ban tổ chức giải có tư cách pháp nhân, có tài khoản riêng, được phép hoạt động độc lập, tuân thủ theo luật pháp và chịu sự quản lý và giám sát của Liên đoàn bóng đá Việt Nam.[3]
• Câu lạc bộ bóng đá Nam Định có tên chính thức trong mùa giải này là Gạch men Mikado Nam Định[4]. Câu lạc bộ Thép Miền Nam Cảng Sài Gòn đổi tên thành câu lạc bộ Thành phố Hồ Chí Minh[5]
• Số cầu thủ nước ngoài vẫn hạn chế ở mức 5 cầu thủ được đăng ký trong danh sách đội bóng và 3 cầu thủ có mặt ở trên sân.
• Với chính sách của nhà nước Việt Nam (cho phép hai quốc tịch), giải đấu năm nay phát triển việc nhập tịch Việt Nam của các cầu thủ nước ngoài. Nếu như giải năm trước (2008) chỉ có Phan Văn Santos nhập tịch thì trước khi giải năm nay khởi tranh đã có 3 trường hợp nhập tịch là Nirut, Sakda (người Thái Lan của Hoàng Anh Gia Lai)[6], Kesley (người Brasil của Bình Dương)[7], khi giai đoạn một kết thúc thì Rogerio của Đà Nẵng (người Brasil) nhập tịch; cũng như thu hút một số cầu thủ Việt kiều về thi đấu (như Lee Nguyễn, Đặng Văn Robert...)
• Từ vòng đấu thứ 18, Xi măng Công Thanh bàn giao lại câu lạc bộ Thanh Hoá cho tỉnh Thanh Hoá, Xi măng Công Thanh Thanh Hoá chỉ còn tên là Thanh Hoá.

Sự thay đổi huấn luyện viên trong giải